此期对《
难经》的研究,方式大抵是将《内经》《
难经》有关内容相互对照,并以《内经》理论阐述《
难经》义理与渊源。
清初莫所《难经直解》(1669)2卷,为《莫氏锦囊十二冲》之一种。莫氏注释《
难经》以滑寿《
难经本义》的理论为主,参考其余注家学说,并结合个人见解予以发挥,具有一定参考价值。徐大椿所著《
难经经释》(1727)2卷,以《内经》理论为本,阐发《
难经》义理及其学术渊源,其中述源析变、考订辨论、诠释发挥,颇具参考价值。黄元御所著《
难经悬解》(1756)2卷,主要结合个人学识及阅读《
难经》心得,对81难予以逐段注解,注文多较简要。
日本学者丹波元胤亦于19世纪初叶撰有《难经疏证》2卷,该书首列其父丹波元简《难经解题》1篇,元胤征引各家学说结合个人见解补其剩义。